Zgodovina cerkve:
V juniju leta 2000 so se zaključila arheološka izkopavanja tlaka v cerkvi. Našli so  ostanke temeljev še dveh starejših cerkva. Ene iz 13. stoletja  v gotskem slugu, druga, starejša pa datira v čas od 500 do 600 let po Kristusu, v romanskem slogu. Arheologi so pri izkopavanju našli nekaj ostankov kremena in nekaj razbite lončevine, kaj drugega pa ne.
-Na grebenu, kjer je sedaj mobilna antena je bila prvotno tudi cerkvica, saj so našli poleg grobove. Med drugo svetovno vojno so Nemci razbili krovne plošče. (ena krovna plošča je vzidana v hlevu v vasi Hruševka). Arheologi so leta 2000 našli še en z ploščo pokrit grob in ga takega tudi pustili.

Sedanjo gotsko cerkev so v letih 1721-1730 dogradili in razširili. Dogradili so prezbiterij z obokom, zakristijo, cerkev dvignili v višino in podaljšali za dolžino prejšne lesene lope, ki je bila pred cerkvijo.
Ker so se v Mekinjah pričela velika barokizacijska dela (predelava gotske cerkve-obokanje), je takratni Šmarski vikar Franc Mihael Paglovec odkupil strop nad korom in pod njim. Saj ima ta sekundarni del stropa večje kasete in se je v prvotni obliki ohranil še do danes.
 

Notranjost cerkve:
 STROP:
Cerkev ima kasetni strop, katerega so v celoti obnovili v Ljubjanskem restavratorskem centru. Obnova je trajala sedem let. Maja leta 2004 so ga dokončali, pripeljali nazaj in ga tudi montirali na strop cerkve. Kasete, strop pod korom pa je restavrator obnovil kar v cerkvi.
-Na sredini kasetnega stropa  sta sliki sv. Mateja in sv. Miklavža.

GLAVNI OLTAR
Prezbiterij je obokan.
-Glavni oltar je lesen, baročna arhitektura stebrov, zidcev volut in atike iz delavnice Gaber Bergant iz Kamnika iz leta 1741.
-Oljna slika sv. Miklavža v glavnem oltarju je delo slikarja Valentina Metzingerja in je bila leta 1920 restavrirana. Okoli leta 1990 je bila na slikarski razstavi v Parizu.
-Kip sv. Miklavža je tudi v vdolbini glavnega oltarja in je bil leta 2002 restavriran-obnovljen (Hančič Maks)

STRANSKA OLTARJA:    
Na notranji strani sta oltarja razširjena na obok prezbiterija-baročni iluzionizem iz sredine 18. stoletja. Na steni je slikana arhitektura z atiko, ki obdaja oltarno sliko v okvirju.
-Na levi strani je v atiki monogram Marije, kjer je nameščena slika sv. Lucije
-Na desni strani je v atiki monogram imena Jezusovega, kjer je nameščena slika sv. Marka.

OLTAR SV. FRANČIŠKA:    
Na severni steni je oltar sv. Frančiška Ksaverija. Slika v atiki sv. Job in glavna slika sv. Frančišlka sta  delo slikarja Jelovška. Glavna slika je iz leta 1724. Oltar z letnico 1784 ima še ohranjene "grabljice" rokoko izdelave za sveče in kanon tablice.  

FRAGMENT FRESKE GOZDIČA:    
Pri sondiranju stene so pod ometom odkrili del freske z motivom grmičevja značilnega za tisto obdobje.(prva polovica 15 stoletja). Da se freska ohrani, je pomembno tudi zato, da se vidi, kako je cerkev skozi stoletja rasla in je ta freska del nekoč velike gotske površine.

OBNOVITVENA DELA V CERKVI 2004

V letu 2004 je bila vsa notranjost cerkve prenovljena, kot smo že rekli strop, komplet nova električna napeljava, položen nov tlak v cerkvi, zakristiji in na koru. nova omara v zakristiji. Na severni steni so do višine pol metra narejeni zračniki za sušenje stene. Zaradi varnosti so se zazidala stranska vrata in v zakristiji.
Narejene in postavljene so tudi nove klopi.

POMEMBNEJŠI DOGODKI

• 12.12.2004 je nadškof Alojz Uran blagoslovil notranjost cerkve. To je bil naslednji teden, ko je bil imenovan za nadškofa. Slovesnost je popestril tudi Miklavž, ko je obdaril otroke in nadodne noše.
• 02.10.2004 je bila prva cerkvena poroka. Ženin in nevesta sta oba iz naše fare. Obred je bil zelo lep in je bila polna cerkev svatov. Pred časom pa je tudi že  bila tudi zlata poroka.
• 8.10.2006, ko so bila obnovljena zunanja dela cerkve- fasada in ostrešje, obnovljen zahodni del obzidja ter fasada na mežnariji je prelat Jože Lap blagoslovil zunanjost cerkve.  
• Vsako leto se opravi v tej cerkvi preko 15 maš. Devet frančiškovih, za 1. maj, predvečer državnosti 24.06., v jeseni žegnanska in za Silvestrovo zvečer.
• Za miklavževo nedeljo organiziramo Miklavža, da obdari vsakega otroka, ko pride k Miklavževi maši.